《超级机器人大战OG》是一款经典的策略角色扮演游戏，拥有许多隐藏功能和要素。以下是一些主要的隐藏功能和要素：
特别模式
EX模式：通关后可选择，武器不能改造，PP系统消耗加倍，第一话结束后难度固定为难，敌人强化（机体和武器三段强化）。
SP模式：通过EX模式后，所有机体可以十段改造，第一话结束后，所有可更换模式武器和强化芯片入手1个。
隐藏武器
重力子炮：射击武器，攻击5000，射程2-8，命中+20，必杀率+10，全地形S适应，移动后攻击不可。在第6话“内心中的约定”里，威蕾塔击破除塞欧拉、勇希、卡拉外的全部敌人后入手。
凶暴之锤：格斗武器，攻击4300，射程1-4，命中+40，必杀率+70，全地形S适应，移动后攻击可。在第15话“来自外星的客人”开始时极殊兵Mk-Ⅱ·R就会追加装备该武器。
隐藏机体
强腕巨神：需要在47话通关前，乔修和莉姆的击坠数各自在70以上，且47话中乔修和莉姆不能发生战斗，并在6回合内到达剧情入口。满足以上条件后，48话通过后入手。
魔装机神系：
正树路线：17话通关前，正树、迪蒂、贵家淩、普蕾西亚的击坠数合计100以上。
琉妮路线：17话通关前，琉妮、黄炎龙、扎修的击坠数合计75以上。
44话和46话魔装机神系机体加入时都会带有新的必杀武器。
